Après le succès de la rébellion de l'aube, Degwin négocie avec le vice-amiral Revil pour le retrait complet des forces de la Fédération du côté 3 afin d'empêcher que de tels incidents ne se reproduisent. Dans la ville terre de Manaus, Char atterrit un travail en tant que pilote de travailleur mobile à Jaburo. Pendant son séjour, il rencontre une jeune Lalah Sune et la sauve des hommes qui l'avaient vendue. Pendant ce temps, Tem Rey apprend l'avancement du Projet MS de Zeon et de la défection soudaine du Professeur Minovsky à la Fédération. Cependant, alors qu'il se rendait à Von Braun, Minovsky est tué au cours d'une bataille entre l'escadron de poursuite mobile de Ramba Ral et les nouvelles unités RCX-76 Guncannon de la Fédération, mais inefficaces. Suite à l'incident, Tem présente son projet RX-78 à Anaheim Electronics comme une solution plus efficace aux combinaisons mobiles de Zeon.

Durante un viaje a Yokohama, Kenshin entabla amistad con un guerrero llamado Shigure, casualmente en la guerra civil que precedió el nacimiento de la era Meji ambos se encontraban luchando en diferentes bandos. Ambos parecen compartir el mismo desprecio por la violencia que el conflicto armado generó, pero las verdaderas intenciones de Shigure son distintas a las suyas. Con el objetivo de impedir un nuevo derramamiento de sangre, Kenshin pone rumbo hacia Tokio. Allí descubrirá que los fantasmas de su pasado aún le persiguen.